十二猴子讲述的是因为致病病毒的侵袭，只有少部分人生存下来，决定改变现状的战争故事。时间向前推进，来到了2035年在这个未来的世界当中早没有了人类生存的痕迹，因为自从1996年致命病毒被开发，甚至是滥用的那一刻起，人类生存的环境变得恶劣，只有极少部分的幸运人能够躲避病毒的入侵，但却只能选择像老鼠一样在地下生活。为了寻找治疗致病病毒的真相，科学家只能把罪恶累累的囚犯送回到病毒研制的那个时代。囚犯为了生存，只能去寻找病毒的研发团队。被送去的囚犯记忆当中只有两个线索，就是自己不想面对的悲惨童年和一个有12只猴子标记的记号。正是这两个线索引起了囚犯的注意，引起了科学家为了解开致命病毒真相的注意。