“爱丽丝”是一种特殊能力的代称，拥有这种特殊能力的人可以做到一般人做不到的事。“爱丽丝学园”就是为有这种能力的人开设的学校。佐仓蜜柑和今井萤是一对要好的同学，她们同在一所乡间小学校里读书。原本两人亲密无间难舍难分，谁知这天今井突然转学去了一所只招收有特殊能力学生的学校。蜜柑失去好朋友心里非常难过，分开后的日子里，蜜柑一直没有今井的消息。经过几天心里煎熬后，蜜柑独自离家来到东京爱丽丝学园找今井。到达学校后蜜柑才发现自己根本无法进到学校里面，就在她在学校围墙外徘徊时，遇到学校的鸣海老师。鸣海老师发现自己的能力对蜜柑毫无作用，他才惊觉蜜柑拥有“无效化爱丽丝”的能力，于是蜜柑也进入这所特殊学校。谁知入学后的蜜柑被很多同学排挤，同学们对她的能力也不认可。蜜柑很难过，不知道自己还要不要在学校继续呆下去